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La microbiota intestinal es un ecosistema complejo importante en la interacción del huésped con el entorno. En los adultos es relativamente estable comparado con la composición de microorganismos durante la infancia y representa un papel clave en el mantenimiento de la salud. Su composición cuantitativa y cualitativa está afectada por numerosos factores externos que afectan al huésped. Existe evidencia que indica que la disbiosis de la microbiota intestinal puede estar relacionada con en la patogenia de enfermedades cardiovasculares, autoinmunes, gastrointestinales y neoplásicas. La interacción entre los microorganismos intestinales y fármacos de uso común es compleja y bidireccional y la composición de la microbiota intestinal pueden estar influenciada por medicamentos. El problema del uso excesivo y abuso de algunos fármacos, como agentes antimicrobianos, inhibidores de la bomba de protones, antiinflamatorios no esteroides, en ocasiones en formas diferentes a las indicaciones habituales son sustancias comúnmente disponibles sin receta y existe evidencia de efectos potenciales sobre la disbiosis y sus posibles consecuencias clínicas. El objetivo de la revisión fue evaluar la interacción de fármacos de uso común y disbiosis de la microbiota intestinal.