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Este estudio se enfocó en determinar las variaciones más importantes de las bacterias heterótrofas y su estructura funcional en el agua del corredor ribereño del bajo río Orinoco, durante las principales etapas hidrológicas. Las muestras se colectaron en diez estaciones localizadas a ambas márgenes del río distribuidas en tres paisajes contrastantes por sus características hidrogeológicas y sanitarias (Almacén aguas arriba de Ciudad Bolívar, Ciudad Guayana-estado Bolívar y Castillos de Guayana- estado Delta Amacuro). Se realizaron cultivos en placas para obtener cepas bacterianas las cuales se caracterizaron bioquímicamente para la obtención de los grupos funcionales y la determinación del índice de diversidad funcional (IDF). Se identificaron 35 grupos funcionales, el mayor IDF se encontró en el paisaje Castillos de Guayana (0,26) y la más baja en el paisaje Ciudad Guayana (0,13). Así mismo, el mayor IDF se encontró en la etapa de aguas altas (0,22) y el más bajo se registró en aguas bajas (0,18). El margen derecho del río presentó un IDF relativamente mayor que el izquierdo (0,14 y 0,12 respectivamente). Los resultados de este estudio permiten inferir una alta influencia antropogénica y estacional sobre la diversidad funcional de la comunidad bacteriana en el bajo río Orinoco.