El objetivo de este artículo es analizar y caracterizar el papel del Sistema Sectorial de Innovación de la Soja en Brasil. El artículo analiza la trayectoria tecnológica de la actividad productiva de la soja y su externalidad, al tiempo que identifica los mecanismos de reglamentación del sistema sectorial de la soya (soja) y cómo estos afectan al desarrollo sostenible de la actividad. Así, con el fin de establecer una relación entre la innovación y la sostenibilidad en la agricultura (eco-innovación), este artículo propone un estudio exploratorio para examinar los impactos sociales y ambientales resultantes del paradigma tecnológico adoptado por la actividad agrícola del país, así como los procesos de regulación y coordinación adoptados por el Sistema Sectorial de Innovación, con miras a la sostenibilidad de la actividad. Para el desarrollo de la investigación se emplearon datos secundarios, obtenidos de distintas fuentes (artículos científicos, libros, datos estadísticos del IBGE, IPARDES, Ministerio de Agricultura, entre otros), que fueron triangulados entre sí, como una manera de aumentar la seguridad de su interpretación. El complejo de la soja tiene las características de un sistema dominante absorbente de la innovación por medio de sus proveedores de insumos y equipos, por lo que la prioridad del análisis de la transformación ecológica del sistema de la soja fue el proceso de innovación y difusión tecnológica embebido en la producción de semillas y equipos. En conclusión, la sostenibilidad en la agricultura requiere un análisis constante de los efectos de la difusión de tecnología, así como la mitigación de las externalidades negativas. Por lo tanto, es imperativo que la armonización de las políticas económicas, agrícolas, sociales y ambientales favorezca la transformación ecológica del Sistema Nacional de Innovación, en especial con la adopción de mecanismos legales con el propósito de inducir un sistema de producción compatible con el desarrollo sostenible.